在人体中，共生着数以万计的微生物，除肠道、口腔、皮肤、呼吸道和女性生殖道外，在泪液、精液和母乳乃至组织和血液中也发现了微生物菌群的存在。据粗略估计，这些共生菌的细胞数目是人体自身细胞数的10倍，仅肠道就定植了重达1.5公斤的微生物。

如此庞大的群体，在人体健康和疾病中发挥的作用当然也不容小觑。例如，肠道微生物在帮助宿主消化，合成必须营养物质的同时，还参与构建和维护肠道的免疫系统，抵御外来病原菌的入侵，并抑制自身条件致病菌的出现。

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许多疾病也与菌群失调有着密切的联系，包括肥胖、II型糖尿病、炎性肠病(IBD)、结肠癌、痛风、乳腺炎、急性皮炎、牙周炎、肺纤维化、抑郁症、细菌性阴道病(BV)等。这些疾病可被称为“菌群相关疾病”。

“菌群性二型”

据已有研究显示，男性与女性在多数菌群相关疾病上都呈现出易感性、诊断、治疗或愈后等方面的差异。疾病的发生发展离不开免疫与代谢，而菌群在免疫代谢中扮演着重要的角色。

人体的免疫代谢存在明显的性别差异，因而我们很自然便会想到，人体菌群是否也存在着性别差异?这些差异从何而来?这些问题看似简单直白，但至今仍无确切统一的说法。

目前对菌群性别研究较多的是从免疫代谢方面入手，通过探究菌群在免疫性别差异方面发挥的作用来探究菌群的性别差异。基于这方面的研究，MB Flak在评述JG Markle发表于2013年Science的文章时提出了“Microgenderome”这一新词，即“菌群性别组学”或“菌群性二型”。此外，不少人体菌群的研究也会在采样和分析中加入对性别的考虑。

然而即便如此，我们对“菌群性二型”这一概念仍然没有一个全局的了解和认识。